Maßgeblich für die statistische Erfassung einer Einrichtung ist die Wirtschaftseinheit. Darunter wird jede organisatorische Einheit verstanden, die unter einheitlicher Verwaltung steht und für die auf Grundlage der kaufmännischen Buchführung ein Jahresabschluss erstellt wird.

Ein Krankenhaus als Wirtschaftseinheit kann zudem mehrere selbständig geleitete Fachabteilungen oder Fachkliniken umfassen. Krankenhäuser, die innerhalb des Erhebungsjahres oder zwischen dem Erhebungsstichtag und dem Meldetermin schließen, können in der Statistik eventuell nicht erfasst werden.

Das Erhebungsprogramm zur Krankenhausstatistik umfasst drei Teile:
        Teil I: Grunddaten
        Teil II: Diagnosen
        Teil III: Kostennachweis

Die Träger der Krankenhäuser sind für alle Teile auskunftspflichtig. Die Träger der Vorsorge- und Rehabilitationseinrichtungen sind nur für die Grunddaten auskunftspflichtig, Einrichtungen mit mehr als 100 aufgestellten Betten müssen auch Daten zu den Diagnosen liefern.

Grunddaten
In den Grunddaten werden die sachliche und personelle Ausstattung, wie Betten, medizinische Großgeräte, ärztliches und nichtärztliches Personal der Krankenhäuser und Vorsorge- oder Rehabilitationseinrichtungen sowie ihrer organisatorischen Einheiten (Fachabteilungen) statistisch abgebildet.

Diagnosen
Zu den patientenbezogenen Merkmalen, den Diagnosedaten, gehören u. a. Hauptdiagnose, Alter, Geschlecht, Behandlungsort, Wohnort und die Fachabteilung, in der die Patientin oder der Patient am längsten gelegen hat.

Kostennachweis
Die Erhebung der Kostendaten ist an den Kontenrahmen der Krankenhausbuchführungsverordnung (KHBV) angepasst. Die Ermittlung erfolgt nach dem Bruttokostenprinzip, d. h. es sind auch Kosten für nicht-pflegesatzfähige/nicht-stationäre Leistungen des Krankenhauses enthalten, wodurch ein direkter Übertrag aus der Buchführung möglich ist.